Il restauro nell' età barocca è principalmente ispirato all'azione riformatrice della Controriforma. 

Il Concilio di Trento, cambia il modo di fare architettura, lo stesso S. Carlo Borromeo scrive le instructiones fabricae et supellectilis ecclesiasticae dove detta indicazioni sulla struttura delle chiese e sull'arredo liturgico.

Eccone alcune:

- le chiese riformate dovevano distinguersi dalle precedenti, costruite possibilmente a navata unica ma non a pianta centrale; erano invece accettate le forme ovali e ad ellisse poichè si sviluppavano in una certa direzionalità.

- le chiese dovevano essere rialzate dal piano stradale e isolate rispetto al contesto circostante.

 Gli architetti dovettero modificare le preesistenze o costruire ex-novo secondo le necessità che si erano venute a presentare in campo liturgico:

- i sacerdoti e i monaci avevano l'obbligo di dire Messa tutti i giorni, le chiese avevano quindi bisogno di più altari, poichè i religiosi erano molti all'epoca.

- gli altari vennero posti in fondo al presbiterio, quasi in corrispondenza della parete absidale.

- netta separazione tra aula e presbiterio attraverso delle balaustre.

Esempi

• Basilica di S. Giovanni in Laterano (restauri a cura di Francesco Borromini)

Papa Innocenzo X affidò il restauro della basilica a Borromini, in quanto minacciava un immediato crollo e per adattarla al gusto e alle decisioni del Concilio di Trento. 

Egli decise subito di consolidare il cleristorio della navata centrale, tamponò le colonne per formare dei pilastri longitudinali, scavando delle nicchie all'interno per collocarvi statue, chiudendo un arcata si ed una no nella navata centrale.

Inserisce un nuovo cassettonato ligneo in sostituzione delle capriate lignee della vecchia copertura.

Conserva i mosaici del catino absidale, il baldacchino gotico ed il pavimento cosmatesco.

Nel progetto originario Borromini, decise di sostituire il cassettonato ligneo della navata centrale con una volta a botte unghiata e di chiudere le navate più esterne per ricavarne cappelle laterali.

Nel 700 i restauri sono legati a tre aspetti:
1 - scoperta di molte città archeologiche, da cui un rinnovato interesse per le antichità classiche (non solo Italia, ma anche Grecia, Egitto, Asia Minore etc.) - STILE NEOCLASSICO
2 - nascono le prime proposte di restauro di statue ed edificiper la conservazione come modelli:
1734 scoperta di Ercolano
1748 scoperta di Pompei - STILE NEOPOMPEIANO O IMPERO
3 - nascita dell'enciclopedismo, dal trattato si passa all'enciclopedia.

Esempi

• Consolidamento del portico di Piazza S. Carlo a Torino (restauro a cura di Benedetto Alfieri)

 All'inizio del XVIII secolo le colonne del portico della piazza presentavano gravissimi dissesti, in quanto non riuscivano più a reggere l'intero peso dei piani sovrastanti.

Per ovviare a questo inconveniente fu chiamato Alfieri, che decise di fare la stessa scelta che fece Borromini in S. Giovanni in Laterano, ossia di tamponare le colonne a due a due, ma allo stesso tempo di non stravolgere completamente il progetto di Carlo Castellamonte.

Tamponamento del portico tra le due colonne

Piazza S. Carlo in un dipinto del XVIII secolo, prima dell'intervento di Alfieri. Si notano sullo sfondo le due chiese gemelle. Sulla sinistra S. Cristina, con la facciata ultimata da Filippo Juvarra, sulla destra S. Carlo ancora senza facciata.